自清洗Y型過濾器工作過程中不需要用戶的任何操作，便可自動的完成清洗，當Y型過濾器的壓差達到預設值時，將開始全自動清洗過程，此間凈水供應不斷流，排污閥打開，清洗室及吸污器內水壓大幅度下降，通過濾筒與吸污管的壓力差，吸污管與清洗室之間通過吸嘴產生一個吸力，形成一個吸污過程。同時，電力馬達帶動吸污管沿軸向做螺旋運動。吸污器軸向運動與旋轉運動的結合將整個濾網內表面完全清洗干凈。整個沖洗過程只需數十秒鐘。排污閥在清洗結束時關閉，Y型過濾器開始準備下一個清洗，自清洗過濾器清洗時需格外注意以下幾點：

1. 當Y型過濾器處于工作時，不能進行清洗，以免造成事故或損壞。

2. 在進行清洗時，水中應不含腐蝕型介質或含鐵離子濃度要低。

3. 如果用蒸汽作為殺菌介質，處理聚四氟乙烯墊片的蒸汽溫度不要超過180℃、處理三元乙丙橡膠墊片的蒸汽溫度不要超過120℃。